Чисто научная инфекция
Jun. 30th, 2011 21:45![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
gabblgobOriginally posted by
![[livejournal.com profile]](https://www.dreamwidth.org/img/external/lj-userinfo.gif){kind=small}
makafu at Чисто научная инфекцияОбъясните чайнику, о чём это.
=======================================
Многочисленные базы данных, содержащие известные нам последовательности ДНК разных организмов, могут быть подвержены атакам виртуальных инфекций.
Не так давно Рэйчел О′Нейлл (Rachel O'Neill) и ее сотрудники, рассмотрев находящиеся в открытом доступе установленные геномы микроорганизмов, пришли к неутешительному и даже настораживающему выводу о том, что до 20% их состава представляют собой фрагменты человеческой ДНК – судя по всему, попавшие в анализируемые пробы в ходе элементарного загрязнения.
Теперь ситуация еще более запутывается: британские исследователи Уильям Лэнгдон (William Langdon) и Мэттью Арно (Matthew Arno) заявили о том, что в базе данных человеческого генома обнаруживаются последовательности, характерные для крайне простых бактерий, микоплазм.
Факт подобного загрязнения, если он подтвердится, может иметь очень далеко идущие последствия. Ведь эти же данные о последовательности ДНК человека, полученные в ходе грандиозной по масштабам работы генетиков, используются и учеными, и фармацевтами, и медиками. В частности, они ложатся в основу ДНК-чипов, с помощью которых ученые и врачи с высокой точностью устанавливают уровень активности определенных генов. По словам Лэнгдона и Арно, они проанализировали несколько таких микрочипов, продающихся биотехнологическими компаниями, и обнаружили, что два из них содержат фрагменты ДНК микоплазмы. Получается, любой, кто будет использовать их для измерения экспрессии человеческих генов, будет измерять заодно и экспрессию генов бактерий.
В некотором смысле, эти наблюдения трудно назвать сюрпризом. Как замечают авторы работы, «прекрасно известно, как распространены микоплазменные загрязнения в биологических лабораториях». Однако они поднимают крайне интригующий вопрос о сущности этого «загрязнения», появившегося в базе данных генома человека.
Компьютерное моделирование показывает, что гены микоплазмы крайне успешно сохраняются и воспроизводятся в таких виртуальных геномах, in silico. По мнению исследователей, возможно, стоит говорить, что мы имеем дело с абсолютно новым типом «информационной инфекции». Маскируясь и адаптируясь, чужеродные «гены» прячутся и распространяются от одной базы данных к другой, на манер виртуальной инфекции. А значит, мы вполне можем опасаться и того, что – даже существуя в виде последовательности битов в памяти компьютера – эти «инфекционные агенты» будут сохраняться, распространяться и эволюционировать.
Более того, уже сегодня, как считают Лэнгдон и Арно, уровень «загрязнения» и быстрота его распространения говорят о том, что мы проигрываем битву с этой новой опасностью. Наши инструменты, и более того – сами подходы и взгляды – уже не подходят для эффективного противодействия таким «генно-компьютерным инфекциям», в которых выработанные за миллиарды лет эволюции, прекрасно сохраняющиеся, максирующиеся, воспроизводящиеся последовательности перешагивают барьер виртуального мира – и начинают действовать в совершенно новых условиях.
Хуже всего то, что авторы работы, возможно, вскрыли лишь самую макушку верхней части айсберга, ведь они работали лишь с двумя подозрительными последовательностями ДНК из микоплазмы, а сколько их может оказаться в действительности? Если принимать отчаянные заявления Лэнгдона и Арно всерьез, ученым предстоит открывать новый фронт борьбы с микроорганизмами – помимо реального, еще и виртуальный.
По публикации Physics ArXiv Blog
=======================================
Многочисленные базы данных, содержащие известные нам последовательности ДНК разных организмов, могут быть подвержены атакам виртуальных инфекций.
Не так давно Рэйчел О′Нейлл (Rachel O'Neill) и ее сотрудники, рассмотрев находящиеся в открытом доступе установленные геномы микроорганизмов, пришли к неутешительному и даже настораживающему выводу о том, что до 20% их состава представляют собой фрагменты человеческой ДНК – судя по всему, попавшие в анализируемые пробы в ходе элементарного загрязнения.
Теперь ситуация еще более запутывается: британские исследователи Уильям Лэнгдон (William Langdon) и Мэттью Арно (Matthew Arno) заявили о том, что в базе данных человеческого генома обнаруживаются последовательности, характерные для крайне простых бактерий, микоплазм.
Факт подобного загрязнения, если он подтвердится, может иметь очень далеко идущие последствия. Ведь эти же данные о последовательности ДНК человека, полученные в ходе грандиозной по масштабам работы генетиков, используются и учеными, и фармацевтами, и медиками. В частности, они ложатся в основу ДНК-чипов, с помощью которых ученые и врачи с высокой точностью устанавливают уровень активности определенных генов. По словам Лэнгдона и Арно, они проанализировали несколько таких микрочипов, продающихся биотехнологическими компаниями, и обнаружили, что два из них содержат фрагменты ДНК микоплазмы. Получается, любой, кто будет использовать их для измерения экспрессии человеческих генов, будет измерять заодно и экспрессию генов бактерий.
В некотором смысле, эти наблюдения трудно назвать сюрпризом. Как замечают авторы работы, «прекрасно известно, как распространены микоплазменные загрязнения в биологических лабораториях». Однако они поднимают крайне интригующий вопрос о сущности этого «загрязнения», появившегося в базе данных генома человека.
Компьютерное моделирование показывает, что гены микоплазмы крайне успешно сохраняются и воспроизводятся в таких виртуальных геномах, in silico. По мнению исследователей, возможно, стоит говорить, что мы имеем дело с абсолютно новым типом «информационной инфекции». Маскируясь и адаптируясь, чужеродные «гены» прячутся и распространяются от одной базы данных к другой, на манер виртуальной инфекции. А значит, мы вполне можем опасаться и того, что – даже существуя в виде последовательности битов в памяти компьютера – эти «инфекционные агенты» будут сохраняться, распространяться и эволюционировать.
Более того, уже сегодня, как считают Лэнгдон и Арно, уровень «загрязнения» и быстрота его распространения говорят о том, что мы проигрываем битву с этой новой опасностью. Наши инструменты, и более того – сами подходы и взгляды – уже не подходят для эффективного противодействия таким «генно-компьютерным инфекциям», в которых выработанные за миллиарды лет эволюции, прекрасно сохраняющиеся, максирующиеся, воспроизводящиеся последовательности перешагивают барьер виртуального мира – и начинают действовать в совершенно новых условиях.
Хуже всего то, что авторы работы, возможно, вскрыли лишь самую макушку верхней части айсберга, ведь они работали лишь с двумя подозрительными последовательностями ДНК из микоплазмы, а сколько их может оказаться в действительности? Если принимать отчаянные заявления Лэнгдона и Арно всерьез, ученым предстоит открывать новый фронт борьбы с микроорганизмами – помимо реального, еще и виртуальный.
По публикации Physics ArXiv Blog
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2011-07-01 05:31 (UTC)"O_o Что это, Бэрримор? Можешь прокомментировать?"
Date: 2011-07-01 06:35 (UTC)Да, действительно такая проблема есть. Не надежность данных DNA сиквенсов, в виде включений посторонней DNA происходит по 2 причинам: технические ошибки и симбионты. Ощибки данного типа, мне предсталяется будут исключатся как сравнением независимо полученных сиквенсов (как того же вида, так и сравнения с теми же микоплазмами и др.) то есть чисто биоинформатикой и это уже сейчас можно сделать, подчистив раз в 10 базы, так и другми методами сиквенирования менее чувствительными к грязи (видел в прошлом году такую разработку).
В любом деле, просто надо быть профессионалом.
no subject
Date: 2011-07-01 06:38 (UTC)no subject
Date: 2011-07-01 06:48 (UTC)no subject
Date: 2011-07-01 10:10 (UTC)no subject
Date: 2011-07-01 10:37 (UTC)Спасибо большое за разъяснения, немного туман рассеялся.
no subject
Date: 2011-07-01 10:39 (UTC)no subject
Date: 2011-07-01 10:39 (UTC)А для чего они вообще нужны?
Date: 2011-07-01 20:27 (UTC)Re: А для чего они вообще нужны?
Date: 2011-07-02 12:07 (UTC)